Куда делись категории?

Ярлыки и категории преобразованы в Метки, найти их можно тут: Меню — Данные — Метки.
Соответственно, теперь, для того чтобы установить ярлык у задачи, надо установить метку у задач и аналогично с категориями — чтобы установить категорию, надо установить метку.
Один инструмент вместо двух.
Чтобы отобразить категории как раньше в навигаторе, Вам необходимо включить настройку «Настройки > Дополнительные > Отображать метки в навигаторе».